金关工程（二期）经国务院批准立项，是 “十二五”期间国家重大电子政务工程项目。金关工程二期为国家、社会公众提供海关业务服务和信息资源服务，为构建开放型国家经济新体制提供了有力支撑，为落实国家一带一路、跨境新政、全国一体化通关改革等重大决策提供了有力保障。金关工程（二期）已于2018年2月通过竣工验收，并已正式上线运行。金关工程（二期）加工贸易管理系统是金关工程（二期）的重要组成部分，该系统的上线运行和推广应用为海关深化加工贸易及保税监管改革、支持加工贸易创新发展提供有力的技术支持和保障。

金关工程（二期）加工贸易管理系统是金关工程（二期）的重要二级系统，由加工贸易手册管理分系统、加工贸易账册管理分系统、保税流转管理分系统等多个分系统组成。加工贸易手册管理分系统延续现有加工贸易手册管理基本形式，总体上仍设置有建账、扣账、核账三大环节，结合料号级管理，风险分析，智能化作业，分层级管理等要求进行整合设计，打造新型加工贸易手册管理模式。加工贸易账册管理分系统实施更贴近企业生产实际的料号级管理，料号级备案、料号级清单核注底账、项号级通关、料号级核销。保税流转管理分系统建立保税货物流转管理统一的信息化平台，实现对保税货物流转管理的无纸化作业、信息化管理、智能化审核。

南京海关采取分步推广方式推广应用金关工程（二期）加工贸易管理系统，按照总署统一部署，自2019年1月15日起，在部分企业开展测试，并自2019年4月1日开始在苏州、苏州工业园区、无锡、盐城和昆山海关，分别应用手册和电子账册系统，其他海关推广应用也于6月10日开始。

企业可通过国际贸易“单一窗口”或“互联网+海关”一体化网上办事平台等方式办理金关二期加工贸易进料加工手册、来料加工手册、不作价设备手册和电子账册的设立、变更、核销、结转、外发等各项手续。新旧两套系统同步运作，逐步将手（账）册设立过渡至金关工程（二期）加工贸易管理系统，原有H2010加工贸易管理系统停止系统更新。

自2019年8月1日起，加工贸易手（账）册设立原则上一律通过金关工程（二期）加工贸易管理系统进行，全面停止H2010加工贸易管理系统的手（账）册设立、延期（因余料结转、内销征税等特殊情况延期的除外），原有H2010手（账）册可正常执行完毕；H2010不作价设备手册停止设备进口报关。因电子账册企业需同步对企业信息化系统进行改造，对在8月1日前难以完成信息化系统改造的电子账册企业，可对切换时间视情况予以延期，最迟不得超过2019年12月31日。

金关工程（二期）加工贸易管理系统中新设立的区外加工贸易手册（含不作价设备手册）、电子账册的设立（变更）、核销仍采取集中作业模式，由南京海关加工贸易集中作业中心办理。

新设立的保税维修、保税检测、保税研发的手册、电子账册以及出境加工账册的设立（变更）、核销由业务现场办理。业务现场还负责办理核注清单的审核和修改、删除业务。